У 1965 році, враховуючи зростаючу роль прикладної математики і комп'ютерних обчислень в наукових розробках, а також у зв'язку з відкриттям нових, перспективних спеціальностей, в ЗНТУ була створена кафедра обчислювальної математики. Головною метою створення нової кафедри було забезпечення викладання основних і спеціальних розділів вищої математики, а також нових дисциплін комп'ютерного циклу, впровадження комп'ютерних технологій в учбовий процес і наукові дослідження на кафедрах і в науково-дослідних лабораторіях університету. На кафедру була також покладена дуже актуальна у той час робота по підвищенню кваліфікації в області обчислювальної техніки і комп'ютерних обчислень викладачів, аспірантів, наукових співробітників університету і його адміністрації.

Першим завідувачем кафедрою був доцент Говеля С.П. В період з 1967 по 2002 роки кафедру очолювали професор Асатурян А.Ш., доцент Пінчук В.П., доцент Мастиновский Ю.В. В 2002 році в руслі реорганізації структури університету на базі кафедри обчислювальної математики було сформовано дві кафедри – обчислювальної і прикладної математики. Кафедру очолив доктор фізично-математичних наук, професор Корнич Г.В. Дисципліни комп'ютерного напряму залишилися на кафедрі обчислювальної математики, а математичні курси перейшли на кафедру прикладної математики.

З 2004 року відкрита нова спеціальність «Системний аналіз та управління» у напрямі «Прикладна математика», що ознаменує новий етап в розвитку кафедри.